相传天地曾发生大冲撞，东南西北四座天柱折断，半边天空坍塌下来，大地爆裂，林火燃烧，洪水泛滥，妖魔鬼怪、猛兽恶禽乘机肆虐。女娲为拯救苍生，“炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极，杀黑龙以济冀州，积芦灰以止淫水。”
女娲补天之石中有两块比较特殊。相传她曾于大荒山无稽崖炼成高十二丈、宽二十四丈的顽石三万六千五百零一块，结果只用了三万六千五百块，剩下一块未用的被弃在青埂峰下，此石自经锻炼，灵性已通，因见众石俱得补天，唯独自己无材不堪入选，遂自怨自叹。日后此石有缘得入红尘，投胎贾府，在温柔乡大观园里上演了一幕幕悲喜之剧，此石便是贾宝玉。
另一块石头相传是女娲为救自己病故之爱女，将万年修为贯注于这颗昔日补天所剩之五彩玉石上，自此该灵石就具有特别之力。此石便是《天之痕》中的小雪。
其实远古神话中的五彩石并没有后世传说的那么神奇，只是因为女娲在地上找不到那么多与天一色的青石，无奈之下只好用白色、黄色、红色和黑色的石头代替，故称“五彩石”。
《轩辕剑3》中的隐藏角色之一就是这位臭名昭著的蚩尤，很多人都将蚩尤视为上古邪神，其实不然，蚩尤是炎帝麾下的苗裔战神，蚩尤、黄帝之战可视为巨人族与天神之间的较量。
炎帝在阪泉一战被黄帝击败后退居南方，黄帝成为中国上古时期的主神，以昆仑山为其统治中心（《轩辕剑2》的决战地便在昆仑仙境），其地位相当于希腊神话中的宙斯。蚩尤是东夷九黎族的首领，有兄弟八十一人，铜头铁额，双角峥嵘，毛发如剑，生有双翅（或八肱八趾，或龟足蛇首），以铁石为食，神通广大，能呼风唤雨，善以金属制造武器。蚩尤不服黄帝的统治，立誓为炎帝报仇，于是发动自己的弟兄和南方部族以及山林水泽间的怪神，在涿鹿与黄帝展开激战。
蚩尤装备精良，在战事之初一度令黄帝陷于苦战。双方互有胜负，难分高下，蚩尤利用浓雾，令黄帝之军队迷失方向，黄帝命风后制作指南车，辨明方向；黄帝召来应龙，以水淹之，蚩尤则请来风伯、雨师，制造更猛烈的暴风雨击溃黄帝之师。当两军僵持不下之际，九天玄女飘然而至，授黄帝以兵法（即传说中的“奇门遁甲”），并将昆吾山赤铜铸造而成的昆吾剑赠予黄帝，再加上夔皮蒙制而成的战鼓助威，黄帝终于在冀州之野将蚩尤擒杀。这就是著名的涿鹿之战。
据《轩辕志》记载，黄帝战胜蚩尤后不久，天界诸神赐予他一柄旷世神剑，内蕴无穷之力，为斩妖除魔之利器。此后这柄神剑流落人间，先是在轩辕剑侠手中与神魔界抗衡，后由轩辕剑侠之子执掌降服壶中仙，战国时被蜀桑子利用助纣为虐，隋朝时被宇文拓用于消灭反抗之陈师，此后虽曾在梁错手上短暂出现过，但最终还是消失于森林之中，不知下落。
