雍正完善了奏折制度。他不仅将有权写折之人扩展至大学士、各省督抚、藩、臬、提、镇，也在保密措施上下足了功夫。首先，密折均直达御前，中间不经过任何人转手；而且密折只能由皇帝一个人批阅，即便是军机大臣也不能过目。
在《朱批谕旨》前言中，雍正自得地说：“此等奏折，一字一句皆出朕之心思，无一件假手于人，亦无一人赞襄于侧。”大臣与皇帝之间的密折与朱批，由特制匣子传递。大臣与皇帝一人一把钥匙，除此之外，没有人能够打开匣子。即便如此，雍正还要谆谆叮嘱臣下不要泄露密折内容。鄂尔泰是雍正最信任的宠臣之一，雍正在给鄂尔泰的侄子鄂昌奏折的朱批中告诫他，“不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知。”就是朱批过的奏折，雍正依然不放松，还下旨要求具奏人在一定时间内交回宫中保存，本人也不得抄录留底，否则严惩不贷。
那么，朱批后的奏折是如何到达具奏人手中的呢？靠军机处。军机处收到朱批奏折后，先由军机章京将奏折连同朱批誊写一遍，加以保存；原件则密封装好，直接传给上折大臣。有些折子，皇帝当天没有考虑周全，就“留中”不发；另一些极为机密的，只录“另有旨”，连副本也不保存。
雍正靠密折了解下情，推行新政，震慑臣下，清明政治。举凡气候、粮价、养廉、水利等，密折是无所不包。除了这些，精力充沛的雍正还喜欢插手鸡毛蒜皮的小事，而大臣也望风希旨，投其所好。雍正六年六月，河南府孟津县居民翟世有，捡到陕西棉花商人秦泰一百七十两银子，没有私自独吞。时任河南山东总督的田文镜在奏折中向雍正陈说此事，皇帝批示，这是田文镜你教化有方，真是国家的祥瑞，朕很高兴。由于地方大员多有密折具奏之权，雍正乐得他们互相牵制，相互监督。王绍绪由鄂尔泰举荐出任广州提督，雍正担心他过于“善柔，行小惠沽名钓誉”，于是让广州将军石礼哈监察王的表现。在接到石礼哈“王绍绪念念不忘圣恩，勤于办事”的回奏后，雍正依然疑虑重重，又询问了两广总督、署理广州巡抚的意见。得到广州巡抚傅泰的肯定意见后，方才罢了。
任命一位广州提督，就要耗费皇帝如此的心神。在天威罩顶的震慑下，雍正力推的新政，如摊丁入亩、改土归流等，也轰轰烈烈地推行下去了。自雍正朝始，密折政治成为清朝政治的主流。军机处扮演枢纽的作用，对于大清帝国走向盛世，功莫大焉。
雍正凭借军机处“以一人治天下”，同时也将重担放在肩头。清朝皇帝普遍勤政，而雍正是其中最突出的。雍正四年五月，皇帝在上谕中感慨地说道，皇考每日上朝，已经是勤政的楷模了；而朕，每天从清晨工作到深夜，又有过之。白天，雍正帝接见大小官员，披览章奏；晚上在青灯下，还要阅读各地的密折，多至二三十件。
